Primero buscamos el producto en el administrador.
Catálogo >> Categorias y productos
Ponemos la referencia o el nombre en el buscador, una vez buscado nos saldrá un resultado por cada una de las categorias a la que esté lincado ese producto.
Marcamos la x de la categoría que queremos quitar, entonces nos aparece en la parte derecha de la pantalla las categorias a las que pertenece el producto, marcamos la categoría que queremos eliminar y le damos a borrar.
Si la categoría que queremos eliminar es la principal (marcada en rojo), primero tenemos que cambiar la categoría principal.
En la pantalla de vincular/copiar 
Nos aparece esta pantalla.
Apretamos el botón "Administrador de enlaces de categorías múltiples"
En la parte superior encontramos un enlace donde podemos cambiar la categoría principal
Una vez cambiada la categoría principal, ya podemos desvincular este producto de la anterior categoría principal.